La zona arqueológica de Pachacámac ocupa un terreno de superficie irregular con una porción alta, formada por prominencias rocosas y hoyadas poco profundas sobre las cuales se levantan los edificios principales; y otra baja, colindante con la playa, cultivada e irrigada hoy con las aguas del río Lurín. Una extensa laguna, denominada "Urpiwachak" o "de los Patos", es el límite de la Zona Arqueológica por el Oeste; una muralla ancha y alta construida con adobes y con sobrecimiento de piedra pizarra (hoy en día se le conoce como Segunda Muralla), marca el límite extremo por el Norte, y es a la vez lindero que separa a las ruinas de los arenales de Lurín. Hacia el este, el área es más ancha, aproximadamente de 1 Km, y se angosta paulatinamente hacia el Este, en un recorrido de cerca de 2 Km., hasta alcanzar la orilla del río Lurín, al pie de las colinas rocosas contiguas al sector "Las Palmas" . El Sur y Sureste presentan como límites los bajos acantilados que dan al río. Por el Noreste y Suroeste se presentan pequeñas colinas y hoyadas.

Los promontorios rocosos presentes en la Zona Arqueológica son cuatro, ubicados hacia el extremo sur, con una altura promedio de 10 a 80 mt. En el promontorio más alto se ha construido el "Templo del Sol".

Hacia el lado Este se presenta otra colina, que en la actualidad se conoce como Cerro Los Gallinazos, que no presenta edificios pero sí numerosas tumbas de piedra. La tercera prominencia está ocupada por el Templo Viejo de Pachacámac y el Templo Pintado; y finalmente, sobre la cuarta prominencia rocosa se han construido un grupo de edificios piramidales con rampa y patios que se asientan en la parte baja y céntrica de la Zona Arqueológica. El resto del terreno no es muy accidentado y los edificios y espacios ceremoniales se han construido siguiendo el relieve del terreno.